Σε σκοπιμότητες αποδίδει την ποινική του εμπλοκή στην υπόθεση της Κιβωτού του Κόσμου ο πατέρας Αντώνιος, ο οποίος μέσω των πληρεξούσιων δικηγόρων του κατέθεσε πολυσέλιδο υπόμνημα παροχής εξηγήσεων στην εισαγγελέα που διενήργησε την προκαταρκτική έρευνα αρνούμενος τις σε βάρος του καταγγελίες για σεξουαλική, και σωματική κακοποίηση υποστηρίζοντας ότι πρόκειται προκλητικά και αυταπόδεικτα ψεύδη .
Στο υπόμνημα παροχής εξηγήσεων που υπέβαλε μέσω των δικηγόρων του Θρασύβουλου Κονταξή, Γιάννη Κώτσου και Τάσου Τριαναταφύλλου ο ποινικά ελεγχόμενος ιερέας υποστηρίζει, κατά πληροφορίες, μεταξύ άλλων ότι λόγω προφανών σκοπιμοτήτων, μετά από 25 χρόνια ευδόκιμης λειτουργίας, υποβλήθηκαν δύο καταγγελίες σε βάρος της διοίκησης τη ΚΙΒΩΤΟΥ, που, κατά την άποψή του άκριτα υιοθετήθηκαν από ορισμένες μόνον Αρχές, Φορείς και Μέσα.
Και τις δύο καταγγελίες που τον έφεραν αντιμέτωπο με τη δικαιοσύνη τις χαρακτηρίζει «προκλητικά και αυταπόδεικτα ψευδείς και αυτοαναιρούμενες». Προσθέτοντας δε, ότι η επόμενη «αντέγραφε» τις αοριστολογίες και τα αβάσιμα περιστατικά της προηγούμενης (!!!).
Αυτές οι «ψευδείς» καταγγελίες, σύμφωνα με τη θέση του πατέρα Αντώνιου αποτέλεσαν τη βάση για να συνταχθούν αόριστα «κατηγορητήρια», χωρίς καν ειδικότερη περιγραφή των απαιτούμενων περιστάσεων, (τρόπου, χρόνου, μεθόδου), παρά την προφανή αντιφατικότητα τους.
«Η μεθοδευμένη δράση του πρώτου και κύριου καταγγέλλοντος εξακολουθεί, αφού περιφέρεται άνευ δικαιώματος στις δομές, προσπαθώντας να στηρίξει τα ψεύδη του. Ευτυχώς τον διαψεύδουν κατηγορηματικά πληθώρα παιδιών», υποστηρίζει ο φερόμενος ως πρωταγωνιστής της υπόθεσης δίνοντας το υπερασπιστικό του στίγμα.
