Αρχές Ιανουαρίου του 2025. Στην επιτροπή Εφέσεων της ΕΠΟ, ο Αλέξης Κούγιας υπερασπιζόταν τον Ρουμάνο τεχνικό του ΠΑΟΚ, Ραζβάν Λουτσέσκου ο οποίος είχε τιμωρηθεί με αποκλεισμό τεσσάρων μηνών από τα γήπεδα. Η εικόνα, ωστόσο, του γνωστού ποινικολόγου προκάλεσε πολλά ερωτηματικά και βαθιά ανησυχία για την κατάσταση της υγείας του. Παρά το αενάως μαχητικό του ύφος, εμφανίσθηκε καταβεβλημένος, πρησμένος στο πρόσωπο με εμφανές πρόβλημα στο αριστερό μάτι και σχεδόν σβηστή φωνή. Καμία σχέση με τη μέχρι πρότινος αεικίνητη, δυναμική, χαλκέντερη φιγούρα του. Στις επόμενες λίγες ημέρες θα έκλεινε τα 74 του χρόνια, αλλά η εξασθενημένη του εμφάνιση δεν είχε να κάνει με την ηλικία. Δεν τον είχαν πάρει δα και τα χρόνια.

Ωστόσο ήταν γνωστό ότι πριν δυόμισι χρόνια είχε εισαχθεί στο νοσοκομείο και υπεβλήθη σε εξάωρη εγχείρηση για την αφαίρεση καρκινογόνων λεμφαδένων. Την επέμβαση την είχε δημοσιοποιήσει ο ίδιος. «Μπήκα στο χειρουργείο στις 7 η ώρα, βγήκα το απόγευμα και στα παιδιά μου έλεγα όταν συνήλθα ότι ήμουν διακοπές.. Οι συνεργάτες τους γραφείου μου νόμιζαν ότι είμαι στην Ελβετία για μία πολύ σοβαρή υπόθεση», είχε πει στις αρχές Αυγούστου του 2022 μετά την έξοδο του από το θεραπευτήριο. Είχε μάθει απρόοπτα για την ασθένεια του δέκα μήνες νωρίτερα.
Σήμερα συγγενείς, συνεργάτες και φίλοι θα του πουν το τελευταίο αντίο στις 12 το μεσημέρι στον ιερό ναό της Παναγίας Φανερωμένης στη Βουλιαγμένη ενώ η ταφή θα γίνει στο Α΄ Νεκροταφείο.
