Μετά την υπόθεση της «Κιβωτού του Κόσμου», οι ελληνικές ελεγκτικές Αρχές ξεκινούν έρευνες και σε άλλες οργανώσεις, προκειμένου να αρχίσει να αποκαθίσταται η εμπιστοσύνη των πολιτών απέναντι στις μεγάλες φιλανθρωπικές και μη κυβερνητικές οργανώσεις.
Σύμφωνα με τα στοιχεία που παρουσιάζει η εφημερίδα «Το Βήμα της Κυριακής», μία από αυτές τις οργανώσεις είναι και το «Χαμόγελο του Παιδιού». Οι αρχές εστιάζουν στα οικονομικά στοιχεία του οργανισμού και ωθούνται στην έρευνα από τις μεγάλες δωρεές της τάξεως των 10 έως 14 εκατομμυρίων ετησίως, τα σημαντικά πλεονάσματα των 6 εκατομμυρίων, αλλά και τα ακίνητα που είχαν παραχωρηθεί από ιδιώτη.
Στην περίπτωση του «Χαμόγελου του Παιδιού» υπάρχει η υποσημείωση ότι η ΜΚΟ δημοσιοποιεί όλα τα δεδομένα από τις δραστηριότητές της και επιδιώκει την πλήρη διαφάνεια, σε αντίθεση με όσα συνέβαιναν στην «Κιβωτό του Κόσμου».
