Caravaggio ήταν γνωστός για τον επαναστατικό του τρόπο να παίζει με το φως στους πίνακες του και, μεταξύ άλλων, για την δολοφονία ενός άνδρα κατά τη διάρκεια μιας παρτίδας τένις. Αν και αυτό μπορεί να ακούγεται σαν σενάριο ταινίας εποχής, εμπλέκεται και το γνωστό του έργο «Αποκεφαλισμός του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή», τον μοναδικό πίνακα που ο Caravaggio δέχθηκε να υπογράψει ποτέ, έργο που ταυτόχρονα ήταν και η ομολογία του φόνου.
Ο Caravaggio έφερε επανάσταση στη χρήση του chiaroscuro, όπου το φως υπαγορεύει την εστίαση των θεατών. Οι φωτεινοί άξονες φωτός κάνουν τις φιγούρες να ξεπροβάλλουν από τον καμβά και οι επιβλητικές σκιές καταδικάζουν τους άλλους στο παρασκήνιο. Αυτή η αίσθηση του κρυμμένου στις σκιές απηχούσε τη δική του ζωή, η οποία είδε την καταιγιστική ιδιοσυγκρασία να ξεπερνά κάθε λογική σε πολλές περιπτώσεις.
Τον Μάιο του 1606, ο μπαρόκ ζωγράφος άρχισε να τσακώνεται με τον Ranuccio Tommasoni για ένα στοίχημα σε έναν αγώνα τένις. Ένα από τα πολλά σε μια σειρά βίαιων επεισοδίων, λέγεται ότι ο Caravaggio τον σκότωσε, κάτι που οδήγησε σε θανατική ποινή για φόνο. Αναγκάστηκε να εγκαταλείψει την πόλη, κυριευμένος από παράνοια για την εκτέλεση και τη σύλληψη. Ο Caravaggio αρχικά κρύφτηκε σε κτήματα που ανήκαν στην Colonna, φτιάχνοντας συνεχώς αυτά που θεωρούνται σήμερα αριστουργήματα όπως το «Δείπνο στο Emmaus» ενώ βρισκόταν σε φυγή.
Αλλά ο φόβος και η ενοχή για τη δολοφονία δεν εμφανίστηκαν στους πίνακες του παρά μόνο δύο χρόνια αργότερα. Ενώ ήταν φυγάς, διατήρησε την καλλιτεχνική εστίαση, πιθανότατα ως μια απόδραση από αυτές τις σκέψεις, αλλά μόνο στην ελαιογραφία του 1608, «Ο Αποκεφαλισμός του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή», ανέλαβε το υποσυνείδητό του να «μιλήσει».
Η άποψη του Caravaggio για τον ανθρώπινο πόνο ήταν συχνά ζοφερή και βίαιη, αλλά αυτός ο πίνακας, παρόλο που ήταν μια σκηνή αποκεφαλισμού, προσφέρεται περισσότερο για τραγωδία παρά για βία. Οι θεατές τρομοκρατούνται, κρατώντας το πληγωμένο σώμα του Ιωάννη.
Ο Άγιος Ιωάννης είναι ετοιμοθάνατος αλλά ακόμα ολόκληρος κατά μία έννοια. Αυτό οδηγεί σε κάποιους να πιστεύουν ότι ο Caravaggio οραματιζόταν μια σκηνή όπου δεν είχε σκοτώσει τον Tommasoni, όπου υπήρχε πιθανότητα επιβίωσης. Όμως η πραγματικότητα ενισχύεται από το αίμα που αναβλύζει από το λαιμό του.
Το αίμα λιμνάζει στο έδαφος, συλλέγοντας τα αποδεικτικά στοιχεία ότι η πράξη δεν μπορεί να αναιρεθεί. Παραμένει το μόνο έργο τέχνης από τα 105 γνωστά έργα τέχνης του που φέρει το όνομά του. Η σφραγίδα της υπογραφής του έκανε τους μελετητές να πιστέψουν ότι ήταν ο τρόπος του να ομολογήσει το έγκλημά του.
