Η προσήλωση μάλιστα του πατέρα του στην ορθή πίστη, έγινε αιτία να διωχθεί και να εξορισθεί από τον σκληρό εικονομάχο και δυσεβή αυτοκράτορα Κωνσταντίνο Ε`, τον Κοπρώνυμο. Προικισμένος με ιδιαίτερες πνευματικές ικανότητες, ο άγιος Νικηφόρος απέκτησε μεγάλη θεολογική και θύραθεν παιδεία.
Γρήγορα, όμως, αποσύρθηκε σε ένα κτήμα του στον Βόσπορο, όπου εκεί αφοσιώθηκε στην άσκηση, αλλά και στη μελέτη των Θείων Γραφών. Όμως ο αυτοκράτορας τότε τον υποχρέωσε να αναλάβει τη διεύθυνση του μεγάλου πτωχοκομείου της Κωνσταντινουπόλεως.
Όταν εκοιμήθη ο Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Ταράσιος, ο αυτοκράτορας Νικηφόρος Α`, υπέδειξε ως άξιο διάδοχό του τον άγιο Νικηφόρο. Όντως την Κυριακή του Πάσχα του 806 ανήλθε στον Πατριαρχικό Θρόνο. Θρόνος όμως που εκείνη την εποχή ισοδυναμούσε με Γολγοθά.
Η αγέρωχη στάση και εμμονή του αγίου Νικηφόρου στην προστασία της Ορθοδοξίας, προκάλεσε την οργή του αυτοκράτορα, ο οποίος και τον απομάκρυνε από τον πατριαρχικό θρόνο. Ο άγιος Νικηφόρος υπέστη πάρα πολλές ταλαιπωρίες και τελικά, ταλαιπωρημένος παρέδωσε στο δίκαιο μισθαποδότη Θεό το πνεύμα του στις 2 του Ιουνίου του 822.
