Η ανοικοδόμηση του ναού από την αρχή ήταν ένα από τα στοιχήματα της ελληνοαμερικανικής κοινότητας.
Η νέα εκκλησία σχεδιάστηκε από τον αρχιτέκτονα Σαντιάγο Καλατράβα. Την κατασκευή του ναού παρακολούθησε με αναρτήσεις του στα κοινωνικά δίκτυα ο Ισπανός αρχιτέκτονας.
Το 2015 έγραφε ότι η εκκλησία θα γίνει ένα σύμβολο ενότητας και σύμβολο για το πώς ξεπερνάμε αντίξοες συνθήκες.
Έπειτα από μια προσωρινή παύση, οι εργασίες για την ανοικοδόμηση του ναού άρχισαν ξανά το 2020 και στόχος ήταν να ολοκληρωθούν εγκαίρως για την 20η επέτειο της επίθεσης, αλλά αυτό δεν ήταν ήταν εφικτό.
Στις 11 Σεπτεμβρίου 2021, ακριβώς 20 χρόνια από τραγωδία, ο ναός ήταν σχεδόν έτοιμος και, συμβολικά, φωτίστηκε.
Είναι ένα «σύμβολο της δύναμης της Νέας Υόρκης», έγραψε ο αρχιτέκτονας στο Twitter ενώ επισήμανε ότι καθώς ο ναός ήταν το μόνο σημείο λατρείας που καταστράφηκε κατά την τρομοκρατική επίθεση, «το σχέδιο του Αγίου Νικολάου έπρεπε να είναι ένα μνημείο που δείχνει την ανθεκτικότητα και την τύχη».
Χθες, 6 Δεκεμβρίου, την ημέρα της γιορτής του Αγίου Νικολάου, έγινε η πρώτη λειτουργία. Σε μια συναισθηματικά φορτισμένη ατμόσφαιρα τελέστηκε ο Μέγας Πανηγυρικός Εσπερινός επί τη μνήμη του Αγίου Νικολάου, χοροστατούντος του Επισκόπου Μηδείας κ. Αποστόλου, παρουσία του Αρχιεπισκόπου πρώην Αμερικής κ. Δημητρίου και βοηθούμενου από τον ιερατικό προϊστάμενο του Ιερού Ναού και πρωτοπρεσβυτέρου π. Ανδρέα Βυθούλκα, αλλά και πολλών ιερέων από την περιοχή της μείζονος Νέας Υόρκης.
«Είμαστε ενθουσιασμένοι που ανακοινώνουμε την ιστορική επαναλειτουργία της νέας Ελληνικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Αγίου Νικολάου και του Εθνικού Ναού, μιας δομής που είναι εμβληματική του ιστορικού μέλλοντος και του καθοριστικού παρελθόντος του Κάτω Μανχάταν», έγραψε στο Twitter ο αρχιτέκτονας.
Ο Μιχάλης Ψαρός πρόεδρος του Οργανισμού “Οι Φίλοι του Αγίου Νικολάου”, ο οποίος είχε αναλάβει το fundraising για την ανοικοδόμηση της εκκλησίας δήλωσε: «Καλούμε όλη την Αμερική να έρθει και να μας επισκεπτεί, να έρθει στο κενοτάφιο που δημιουργήθηκε και χτίστηκε στην μνήμη 3.000 ανθρώπων που μαρτύρησαν και δολοφονήθηκαν στις 11 Σεπτεμβρίου».
Αξίζει να αναφερθεί πως μετά από μια προσωρινή παύση, οι εργασίες για την ανοικοδόμηση του ναού επανεκκίνησαν το 2020 και στόχος ήταν να ολοκληρωθούν εγκαίρως για την 20η επέτειο της επίθεσης. Αν και δεν ήταν εφικτή η λειτουργία του στο προβλεπόμενο χρονοδιάγραμμα, για συμβολικούς λόγους φωτίστηκε για την επέτειο.
