Η Έμα Τόμσον παραδέχτηκε ότι ήταν «εντελώς τυφλή» όταν ο πρώην σύζυγός της Kenneth Branagh είχε εξωσυζυγική σχέση με την Helena Bonham Carter.
Η απιστία έδωσε τέλος στον εξαετή γάμο των δύο ηθοποιών το 1995. Παντρεύτηκαν το 1989, μόλις δύο χρόνια μετά τη γνωριμία τους στα γυρίσματα μιας ταινίας. Ο Κένεθ είχε σχέση με την ηθοποιό, Helena Bonham Carter, όταν πρωταγωνιστούσαν μαζί στην ταινία Φρανκενστάιν το 1994.
Η Έμα Τόμσον είπε στο New Yorker ότι «ταπεινώθηκε» από την υπόθεση και σοκαρίστηκε από την αυταπάτη. Την εποχή εκείνη, γύριζε την ταινία Sense and Sensibility που κέρδισε το Όσκαρ Καλύτερου Διασκευασμένου Σεναρίου, αλλά η είδηση του χωρισμού τους δεν είχε ακόμη δημοσιοποιηθεί.
«Ήμουν τελείως, τελείως τυφλή στο γεγονός ότι είχε σχέσεις με άλλες γυναίκες στα γυρίσματα. Αυτό που έμαθα ήταν πόσο εύκολο είναι να τυφλωθείς από την επιθυμία σου να εξαπατήσεις τον εαυτό σου» περιγράφει η ηθοποιός.
Και πρόσθεσε: «Ήμουν μισοζωντανή. Οποιαδήποτε αίσθηση του να είσαι αξιαγάπητος ή άξιος άνθρωπος είχε φύγει εντελώς». Η Έμα Τόμσον εξήγησε στη συνέντευξη ότι ο συμπρωταγωνιστής της στο Sense and Sensibility και σύζυγός της τα τελευταία 27 χρόνια, Greg Wise, ήταν αυτός που «μάζεψε τα κομμάτια και τα συνέθεσε ξανά».
Η Έμα και ο Greg παντρεύτηκαν το 2003 και απέκτησαν δύο παιδιά. Την Gaia, 22 ετών, και τον Tindyebwa, τον οποίο υιοθέτησαν όταν ήταν 16 ετών.
Την ίδια χρονιά το ευτυχισμένο ζευγάρι παντρεύτηκε την καλλιτεχνική διευθύντρια Lindsay Brunnock.